1.难以破坏致病菌复杂的基因链。
　　各种病原微生物随着环境等因素的变化也在“进化”，非淋的致病微生物也不例外。临床显示，非淋的各种致病微生物经过变异复制，特别是病毒类致病微生物，基因链结构更加完善而且复杂，致病性增强，对药物的药理作用效果减弱，治疗难度增加。

2.药敏显示病原微生物对抗生素耐药。
　　临床表明，致病微生物现在不但对药物的治疗作用有耐药性，而且病原微生物在发病过程中变的更加灵巧，在遇到免疫系统的吞噬和药物的杀灭时，释放假性“靶目标”诱使对病毒的杀灭效果。

3.单一方法治疗，病原微生物很难清除。
　　很多患者致病的病原微生物不止一种，是多种类型的微生物混合感染,如合并淋菌或滴虫等。传统治疗以抗生素四环素、强力霉素、红霉素和喹诺酮类为主，这类药物对致病微生物的杀灭有限，而且很难清除像霉菌和病毒这种非细菌结构的病原微生物。加之致病微生物的抗药性增强，传统治疗很难突破治病微生物的耐受度，寄宿体内容易反复发病。

4.抗生素的乱用和滥用，没有规范的治疗。
　　病毒的复制变异，药物的耐药性增强，药效变差，效果减弱，治疗反复发作归根结底不规范的治疗和抗生素的不合理使用有直接关系。

5.再感染，性伴未经治疗。
　　有报道沙眼衣原体阳性，其性伴30.6%衣原体也阳性，解脲支原体阳性患者的无症状性伴34.29%支原体阳性。所以很多人在成为感染源以后并不知情，在伴侣治疗结束以后可以带来二次感染。