非淋菌性尿道炎是一种多病因的综合征，病原体多为衣原体、支原体、滴虫、疱疹病毒、念珠菌等。30%～50%的非淋菌性尿道炎与沙眼衣原体有关非淋菌性尿道炎，20%～30%为解脲支原体感染，10%由阴道毛滴虫、白色念珠菌、单纯疱疹病毒、生殖支原体、腺病毒和杆菌等微生物引起。衣原体和支原体对外环境抵抗力较弱，加热56度，5～10分钟可将其杀死，常用消毒剂如福尔马林、来苏尔、石碳酸等也极易将其杀死。
 

　　目前已证实，至少有两种病原微生物参与本病的发病，即沙眼衣原体和解脲支原体。也发现其他一些微生物与本病有关。

　　尿道炎也可能由一些非性传播的病因导致。细菌性尿道炎可以继发于上泌尿道感染、细菌性前列腺炎、尿道狭窄、包茎及尿道插管等。此外，先天性畸形、化学性刺激、肿瘤和某些过敏因素也可导致尿道炎。全身性疾病如Stevens-Johnson综合征可能会引起尿道炎。
 

　　临床上，沙眼衣原体感染常与淋球菌感染有紧密联系。这两种病原体均可引起男性尿道炎、附睾炎、直肠炎，女性宫颈炎、尿道炎、盆腔炎等，它们引起的疾病，其临床症状和体征差别不大，因此单凭临床观察是不易区分的。而且沙眼衣原体和淋球菌可合并感染。准确的鉴别诊断有赖于实验室检查。在临床实践中，常对确定为淋球菌感染者，无论是否检查沙眼衣原体感染，均常规给予抗淋球菌和沙眼衣原体两种病原体的治疗。